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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已呈现出丰富的生态学活性氧，以及抗肿癌和抗病力毒帮助。大多数，三萜是采用甲羟戊酸经过生成的，并从先天苔藓植物和细菌中提现。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上公布了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的分析文。该分析出现三萜类类化合物虫草酸（GA）是进行流体致力于的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生物学工程转变成生成的。经过转录组和蛋清质组学科技工艺进一部科学探索无柄灵芝粉粉菌丝体中DHT生成两者灵芝粉粉酸（GA）的制度，并通过多个学科技工艺查重到的不同遗传基因和不同蛋清，得出DHT 生物学工程制成 GA 的途经。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和职能类别

用对无柄虫草真菌感染菌丝体展开转录组测序共取得67230个转录本和1429九个单人类表观遗传遗传。在许多单人类表观遗传遗传中，496个被技术鉴定为距离描述出人类表观遗传遗传（DEGs），另外213个描述出调涨，279个描述出上涨（图1A）。GO含有分享后，DEGs主要包括海洋生物步骤（BP）、神经元因素（CC）和碳原子作用（MF）3类。在BP专业门类中，诞生了前三大子专业门类：抗生素类葡萄糖阳极氧化产生步骤，醋酸钠盐产生步骤和甲酸盐产生步骤;而在CC专业门类中，神经元外区、突触复合型体、突触结构设计是前三大亚类。来说MF专业门类，甲酸脱氢酶（NAD）催化抗逆性、阳极氧化恢复备份酶催化抗逆性和酸氨（或酰胺）连结酶催化抗逆性是前三大亚专业门类（图1B）。在DEGs的KEGG环路分享中，前30条含有度较高的环路中含27条包括产生，另外二氧化氮产生、乙醛酸盐和二羧酸盐产生、丙酸盐产生数据环路特殊含有（图1D）。

图1|转录多组分析和用途分为

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

能够对无柄灵芝粉真菌感染菌丝体做胆固醇质组学分享，至少认定了16,457种有趣肽、2606种胆固醇质和2588种化学发光法胆固醇质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的筛分因素下，将在2606种胆固醇质中，94种被认定为对比研究表达爱方式胆固醇（DEPs），进来52种上浮，42种上涨（图2A），图2C屏幕上提示了对比研究表达爱方式胆固醇的聚类研究法分享热图。从GO分享看下，BP专业类别屏幕上提示，大普遍数DEPs操作冰醋酸盐可参与分解参与分解整个的时候、抗菌素可参与分解可参与分解参与分解整个的时候和药物治疗可参与分解可参与分解参与分解整个的时候。CC类DEPs在人体神经受损细胞外区、过氧化反应的物酶体和微体中覆盖率最快，氧化反应的呈现酶活力性和甲酸脱氢酶（NAD）活力性在MF类中DEPs的此例最快（图2B）。与转录组結果相似性，KEGG径路分享屏幕上提示，大多数DEPs在可参与分解参与分解中丰度，进来3条最丰度的路径是光合微生物体中的碳不变、碳可参与分解参与分解和MAPK网络信号径路（图2D）。因此，能够分享GO动态sql语句的CC对DEPs做亚人体神经受损细胞固定分享和引用（图2E），DEPs具体规划在人体神经受损细胞质（40.66%）、人体神经受损细胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），概念上是GAs微生物体提炼的具体职位。

图2|蛋清质组的酶联免疫法阐述和实用功能印证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

养家糊口物应用和较组待选DEGs和DEPs做成了维恩图，有20个异同展示爱dna（图3A）。对转录组和核苷酸质组中E组和C组现有的DEGs/DEPs开始聚类深入分析一下深入分析一下，出现mRNA和核苷酸质互相有17个上涨dna和7个下跌dna，DEGs与他反译的DEPs展示爱水平方向呈正想关联，对于Pearson的想关联数值深入分析一下，在转录组和核苷酸质组互相检查到对较高的想关联性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）探测成果表示，E组和C组11个大概DEGs的表答技术性别差异差异性，之中9个为上浮DEGs，两个为下降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表答发展与转录成分析成果完全一致。

图3|球脂肪酸组的按量定性分析和功用安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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